东南大学苏州校区的前身为2005年10月成立的东南大学苏州研究院，集高层次创新型人才培养、高水平科学研究、高技术成果转化、国际合作办学、服务地方经济社会发展为一体，是学校“双一流建设”的重要组成部分。校园坐落于风光秀美、景致典雅的苏州工业园区独墅湖科教创新区，占地100多亩，建筑面积近11万平方米。

校区具有较为完整的办学功能，现有东南大学苏州研究院、东南大学软件学院（苏州）、东南大学国家大学科技园（苏州）、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究院、东南大学技术转移（苏州）中心等机构，以及若干科技创新平台。截至2018年12月底，在校全日制硕士研究生近1000人，累计招生3000余人、获得硕士学位2150余人，其中，东南大学—蒙纳士大学苏州联合研究生院是经教育部批准设立的国内第一所中外联合研究生院，现设有软件工程、计算机技术（含人工智能）、工业设计工程、交通运输工程、英语笔译、国际商务、建筑与土木工程、动力工程等8个专业。共建成12个苏州市高技术重点实验室和若干个多种形式的科技创新平台，累计承担“973、863、重大支撑”科技计划15项、部省市级科技计划200项，纵向科技经费到账总计1亿多元，产学研合作项目达上百项，合作经费2亿多元，其中，东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究院设有未来城市、能源与环境、先进材料与制造、科学与工程领域的先进计算等4个联合研究中心。大学科技园（苏州）现有孵化面积3万平方米，入驻的高科技企业累计超过300家，目前在园90多家。

2018年12月，为进一步推动学校在苏州的办学，成立东南大学苏州校区，设置苏州校区管理委员会，统一管理学校在苏州的所有办学事务，旨在巩固与苏州市合作办学十多年成果的基础上，按照“高端化、国际化、本土化、特色化”的发展要求，努力将东南大学在苏州的办学做大做强。