甘肃农业大学动物医学院源自于盛彤笙、胡祥壁、朱宣人、许绶泰、廖延雄、谢铮铭、陈北亨等众多著名兽医学家和教育家1946年创立的国立兽医学院，历经西北兽医学院兽医系（1950年）、西北畜牧兽医学院兽医系（1951年）、甘肃农业大学兽医系（1958年）、动物医学系（1993年），2001年更名为动物医学院。学院1946年开始招收本科生、1953年招收硕士研究生、1984年招收博士研究生。2002年，兽医学科获得一级学科授权，2003年获批兽医学博士后科研工作流动站，2000年和2007年分别获得兽医硕士和兽医博士专业学位授权。
动物医学院现有本科专业均属于农学门类，专业类均属于动物医学类本科专业。该专业类下设6个本科专业，包括动物医学、动物药学、动植物检疫、实验动物学、中兽医学和兽医公共卫生。其中动植物检疫、实验动物学和中兽医学专业为四年制，兽医公共卫生专业为5年制，动物医学和动物药学专业可以为五年或四年制。
学院现有动物医学、动物药学和兽医公共卫生3个本科专业。动物医学曾设动物医学和动物医学（兽医公共卫生）2个招生专业方向。2020年，教育部增设兽医公共卫生本科专业，动物医学（兽医公共卫生方向）因此于2021年停止招生。2021年，学院组织申报兽医公共卫生本科专业并获批于2022年开始招生。