单位主要以洱海为研究对象，科学研究的总体目标为对洱海生态环境特征作长期的基础研究，摸清其富营养化发生的原因与发展趋势，有针对性地制定科学治理方案，为目前的治理与未来的防治提供强有力的科技支撑和理论指导，其职能主要是对洱海生态环境、水文、水动力学、水化学、流域经济发展变化等方面作长期的基础研究，研究洱海富营养化发生主要原因、发展趋势与演变规律；制定洱海保护与水污染治理、湖泊管理的科学方案，为管理决策提供科学依据；引进、吸收与消化国内外先进技术，研发集成适合洱海保护与治理的综合技术；搭建湖泊生态环境研究的科技平台、开放实验室，组织、吸引国内外研究机构、专家学者以各种方式参与洱海科学研究；培养当地湖泊保护的优秀人才，为洱海保护、水污染治理与湖泊管理提供人才基础；完成上级部门、领导交办的各项工作任务。